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医院下设教研室23个，三级学科39个，医疗科室82个，医技科室13个，行管科室25个，建有25个教学基地，承担8个层次18个专业的临床教学任务中西医结合和临床医学为国家一级学科博士点中西医结合临床为国家教育部重点学科。

神经内科整形外科普通外科为国家临床重点专科建设项目单位，中西医结合心血管科为国家中医药管理局重点专科及福建省中医中西医结合重点专科神经内科骨科神经外科整形外科普通外科为福建省临床重点专科建设项目神经大学第一医院特色科室有哪些黄牛挂号方便快捷；医院有37个临床医疗科室和11个医技科室，同时还有40余个教研室研究室和实验室医院有内科学呼吸系病皮肤与性病学普通外科学和内分泌与代谢病学4个国家重点学科和影像医学与核医学1个国家重点培育学科拥有免疫皮肤学。

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