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3敏感度不同T检查对中枢神经系统疾病，头颈部疾病的诊断，大血管检查等也有很大的价值核磁共振可以随意做任何角度的切层，且无辐射对颅脑，脊柱和脊髓等的解剖和病变的显示，都比CT要好。

和CT一样，MRI也是解剖性影像诊断，很多病变单凭核磁共振检查仍难以确诊，不像内窥镜可同时获得影像和病理两方面的诊断对肺部的检查不优于X射线或CT检查，对肝脏胰腺肾上腺前列腺的检查不比CT优越，但费用要高昂得多对胃肠道的。