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CT主要通过骨头肌肉和脂肪之间不同的对比度来诊断，同时分辨率很高，是最常用的的诊断方式，可以看成是三维版本的胸透，但缺点是辐射剂量很高MRI的成像原理完全不同于CT，MRI对软组织的对比度相当好，所以常被用来做脑。

CT对颅内肿瘤的诊断价值较高，肿瘤的占位改变，可显示肿瘤的位置与形态，及内部出血钙化囊液及脂质等变化对脑外伤或其他原因出血形成的血肿，CT扫描常能发现，并可观察血肿的位置，形态和演变过程。

其次，二者的检查侧重范围不一样，磁共振对于软组织滑膜血管神经肌肉肌腱韧带和透明软骨的分辨率高而CT在观察骨头肺出血等方面比较有优势二者在检查上，在临床上可以做到优势互补磁共振是没有辐射的。